Selain itu, Vasco de Gama mengancam akan membakar kota "Kilwa" (saat ini milik negara bagian Tanzania) jika pangerannya menolak tunduk kepada Portugis, dan berjanji setia kepada Raja Manuel dari Portugal. Kondisi ini memaksa penguasa kota untuk memenuhi keinginan de Gama.
Belakangan, penjelajah Portugis pergi ke kota Kalikut di India untuk menghukum penguasanya, Raja Zamorin, atas keistimewaan yang dia berikan kepada pedagang Arab. Dia mengebom pelabuhan kota dan membunuh 38 sandera karena penolakan Raja untuk memberinya izin komersial pelabuhan.
The Science Post menyatakan setelah Vasco de Gama gagal merayu Raja Kalikut, dia menuju kota Cochin, 100 kilometer selatan Kalikut, tempat dia mendirikan pelabuhan perdagangan Portugis pertama di Asia. Setelah dua perjalanannya ke India, Vasco de Gama memilih tinggal bersama keluarganya di Portugal dan menikmati istirahatnya yang berlangsung selama 20 tahun mulai tahun 1503.
BACA JUGA: Sholat Subuh: Bacaan Niat, Tata Cara Beserta Bacaan Doa Qunut
Namun Raja Joao III (penerus Raja Manuel I) mengangkatnya ke posisi Raja Muda India pada 1524, untuk memerangi korupsi yang mulai menyebar di pelabuhan komersial Portugis di India. Untuk menjalankan misi barunya, Vasco de Gama melakukan perjalanan ke timur pada tahun yang sama, tetapi dia meninggal tak lama setelah kedatangannya di kota Kochi, India di mana dia terjangkit malaria.
Ia dimakamkan di Gereja Saint Francois di kota India itu sendiri, sebelum jenazahnya dipindahkan ke Portugal oleh salah seorang putranya pada 1539. Jasadnya dimakamkan kembali di sebuah biara Katolik di desa Videguera (Portugal selatan), di mana dia tinggal sebelum perjalanan terakhirnya ke India.